Льготный отпуск лекарственных препаратов отдельным категориям граждан является одним из важнейших направлений деятельности ГУП "Аптечный склад". На базе предприятия создана единая система реализации федеральных и региональных программ льготного лекарственного обеспечения. 
Структурные подразделения ГУП "Аптечный склад" осуществляют отпуск лекарственных препаратов и медицинских изделий в г. Чите и в Забайкальском крае. 
Льготное лекарственное обеспечение населения края осуществляют 32 структурных подразделений ГУП "Аптечный склад" (аптеки и аптечные пункты).

В соответствии нормативно-правыми актами, в рамках которых Предприятием предоставляются федеральная и региональная льгота, к категориям граждан, имеющих право на льготное лекарственное обеспечение отнесены:

Федеральные льготополучатели: 
в соответствии с главой 2 Федерального закона от 17.07.1999 №178-ФЗ (в редакции Федерального закона от 22.08.04 № 122-ФЗ) право на получение государственной социальной помощи в виде набора социальных услуг имеют следующие категории граждан: 
- инвалиды I, II, Ш-й групп с любой степенью нарушений трудовой деятельности; 
- дети-инвалиды; 
- инвалиды войны; 
- участники Великой Отечественной войны; 
- ветераны боевых действий; 
- военнослужащие, проходившие военную службу в воинских частях, учреждениях, военно-учебных заведениях, не входивших в состав действующей армии, в период с 22 июня 1941 года по 3 сентября 1945 года не менее шести месяцев, военнослужащие, награжденные орденами или медалями СССР за службу в указанный период; 
- лица, награжденные знаком «Жителю блокадного Ленинграда»; 
- члены семей погибших (умерших) инвалидов войны, участников Великой Отечественной войны и ветеранов боевых действий, члены семей погибших в Великой Отечественной войне лиц из числа личного состава групп самозащиты объектовых и аварийных команд местной противовоздушной обороны, а также члены семей погибших работников госпиталей и больниц города Ленинграда; 
- лица, работавшие в период Великой Отечественной войны на объектах противовоздушной обороны, местной противовоздушной обороны, на строительстве оборонительных сооружений, военно-морских баз, аэродромов и других военных объектов в пределах тыловых границ действующих фронтов, операционных зон действующих флотов, на прифронтовых участках железных и автомобильных дорог, а также члены экипажей судов транспортного флота, интернированных в начале Великой Отечественной войны в портах других государств.

Льготополучатели по семи высоко-затратным нозологиям: 
Гемофилия, муковисцидоз, гипофизарный нанизм, болезнь Гоше, миелолейкоз, рассеянный склероз, трансплантация органов и (или) тканей.